1. Teknoloji Fakültesi
2. Teknik Eğitim Fakültesi
3. Safranbolu Fethi Toker Güzel Sanatlar ve Tasarım Fakültesi
4. Başak Cengiz Mimarlık Fakültesi
5. Demir Çelik Enstitüsü
6. Sivil Havacılık Yüksekokulu
7. Türkiye Odalar ve Borsalar Birliği Teknik Bilimler Meslek Yüksekokulu
8. Teknoloji Transfer Ofisi
9. Hukuk Müşavirliği
10. Üniversite Yayın Koordinatörlüğü
11. Bilimsel Araştırma Projeleri Koordinatörlüğü
12. Yenilenebilir Enerji Mühendisliği Uygulama ve Araştırma Merkezi
13. İş Güvenliği ve Sağlığı Eğitim Uygulama ve Araştırma Merkezi
14. Sürekli Eğitim Uygulama ve Araştırma Merkezi
15. Malzeme Geliştirme Uygulama ve Araştırma Merkezi
16. Robot Teknolojileri Uygulama ve Araştırma Merkezi
17. Kariyer Merkezi
18. Enerji ve Çevre Teknolojileri Birimi
19. Lojman Tahsis Komisyonu Başkanlığı
20. Rektör tarafından verilen diğer görevler

1. Edebiyat Fakültesi
2. İslami İlimler Fakültesi
3. Fen Fakültesi
4. İktisadi ve İdari Bilimler Fakültesi
5. İşletme Fakültesi
6. Türker İnanoğlu İletişim Fakültesi
7. Safranbolu Devlet Konservatuvarı
8. Yabancı Diller Yüksekokulu
9. Hasan Doğan Beden Eğitimi ve Spor Yüksekokulu
10. Adalet Meslek Yüksekokulu
11.  Sosyal Bilimler Meslek Yüksekokulu
12.  Ovacık Spor Meslek Yüksekokulu
13.  Kütüphane ve Dokümantasyon Daire Başkanlığı
14.  Bilgi İşlem Daire Başkanlığı
15.  Öğrenci İşleri Daire Başkanlığı
16.  Sınav Merkezi Koordinatörlüğü
17.   YLSY Burs Programı Koordinatörlüğü
18.  Tarih Kültür ve Sanat Araştırmaları Merkezi Müdürlüğü
19.  Çocuk Gelişimi Uygulama ve Araştırma Merkezi
20. Cengiz Aytmatov Türk Dünyası Uygulama ve Araştırma Merkezi
21.  Kadın Çalışmaları Uygulama ve Araştırma Merkezi
22. Engelliler Birimi Uygulama ve Araştırma Merkezi
23. Etik Kurulları
24. Mevzuat Komisyon Başkanlığı
25. Eğitim Komisyonu Başkanlığı
26. Bologna Eşgüdüm Süreci
27. Rektör tarafından verilen diğer görevler

1. Tıp Fakültesi
2. Diş Hekimliği Fakültesi
3. Orman Fakültesi
4. Sağlık Bilimleri Fakültesi
5. Sağlık Yüksekokulu
6. Lisansüstü Eğitim Enstitüsü
7. Sağlık Hizmetleri Meslek Yüksekokulu
8. Safranbolu Şefik Yılmaz Dizdar Meslek Yüksekokulu
9. Yenice Meslek Yüksekokulu
10.Eskipazar Meslek Yüksekokulu
11. Eflani Meslek Yüksekokulu
12. İdari ve Mali İşler Daire Başkanlığı
13. Kalite Yönetim Kurulu Koordinatörlüğü
14. Türkçe Öğretimi Uygulama ve Araştırma Merkezi
15. Deneysel Tıp Uygulama ve Araştırma Merkezi
16. Geleneksel ve Tamamlayıcı Tıp Uygulama ve Araştırma Merkezi
17. Fizyoterapi ve Rehabilitasyon Uygulama ve Araştırma Merkezi
18. Kongre Koordinasyon Birimi
19. Akademik Teşvik Düzenleme, Denetleme ve İtiraz Komisyonu
20. Bilim ve Teşvik Ödül Komisyonu
21. Rektör tarafından verilen diğer görevler